北齐后主高纬在晋阳修建了十二座规模宏丽的寺院，
（《北齐书》载：后主高纬…又于晋阳起十二院，壮丽逾于鄴下。所爱不恆，数毁而又复。夜则以火照作，寒则以汤为泥。百工困穷，无时休息。）这种穷奢极欲不惜人力的统治自然维持不了多久，不数年后北齐被北周平灭，高纬束手就擒，被带回北周国都长安，不久后被赐死。（《北齐书》：（后主）为周将尉迟纲所获。送邺，周武帝与抗宾主礼，并太后、幼主、诸王俱送长安，封帝温国公。至建德七年，诬与宜州刺史穆提婆谋反，及延宗等数十人无少长咸赐死，神武子孙所存者一二而已。）
北周灭北齐后，北周武帝即下令灭佛，这是中国佛教史上第二次大规模灭佛（中国佛教历史上经历了“三武一宗”四次大规模灭佛，分别是北魏太武帝拓跋焘，北周武帝宇文邕，唐武宗李炎和后周世宗柴荣），这次灭佛只是毁佛像经卷，僧尼还俗，对于寺院没有破坏，被赐予北周王公贵族和有功之臣。建德三年（）周武帝下诏“断佛、道二教，经像悉毁，罢沙门、道士，并令还民。并禁诸淫祀，礼典所不载者，尽除之。”一时间，北周境内“融佛焚经，驱僧破塔……宝刹伽兰皆为俗宅，沙门释种悉作白衣”。建德六年（公元年)，北周灭北齐后，立即推行灭佛*策，废寺4万，强迫万僧、尼还俗。
可想而知，这次灭佛后，晋阳十二院也被废为民宅。几年后隋朝建立，隋文帝、隋炀帝父子又是佛教（净土宗）的忠实信徒，晋阳又是隋代的重要城市，隋炀帝曾在晋阳建弘善寺，凿尺大佛，此寺遗址在明仙峪龙山西侧（详见前文《晋阳西山第三大佛在明仙峪》），晋阳十二院在隋代应有恢复。
唐历代皇帝都尊崇佛教，直到唐武宗会昌年间第三次灭佛，不过这次灭佛是有计划分步骤有限度的，《旧唐书·武宗纪》载:会昌五年夏四月,“敕祠部奏括检天下寺及僧尼人数,大凡寺四千六百,兰若四万,僧尼二十六万五百”。同年八月壬午(七日),诏告天下,“拆寺四千六百余所,还俗僧尼二十六万五百人,收充两税户,拆招提、兰若四万余所,收膏腴上田数千万顷,收奴婢为两税户十五万人。”这次灭佛一年后，会昌六年，武宗驾崩，毁佛停止，宣宗继位后重新鼓励佛教发展，晋阳十二院再经兴废。
到唐末五代时期，唐代敦煌写本《往五台山行记》记载:"又行十里到太原城内大安寺内常住库安下……又于京（晋阳城）西北及正西山内有一十所山寺,皆巡礼讫。京西北有开化大阁,兼有石佛一尊,又正西有山,有阁一所,名童子像阁,兼有石佛。"此处明确记载晋阳城西山有10所山寺，另还有“开化寺大佛，童子寺大佛”，正合十二座寺院。晋阳十二院依然屹立于西山。
第四次后周柴荣灭佛。时北汉为独立王国，对晋阳佛教没有影响。北汉刘继元佞佛，在国家风雨飘摇之际，兴不急之务，在天龙寺大兴土木建造千佛楼，冶铁为数千佛像。天龙寺是笔者判断的十二院之一，可推知晋阳十二院在北汉末依然存在。
使晋阳十二院真正遭受灭顶之灾的，是赵光义平北汉后毁城迁民。《宋史》记载，迁民之中“官吏、僧道、高?户”迁河南，元好问诗言“仙佛所庐余百所，鬼役天才千万古,争教一炬成焦土”。僧侣迁走，佛寺付之一炬。晋阳十二院和晋阳古城一起埋入历史尘烟中。
宋毁晋阳城后，在故城东北20里建平晋县城，又在故城东北35里处唐明镇新建太原城，晋阳遗民先迁平晋县再迁入太原新城。佛教是封建社会不可或缺的教化工具，也是民众的精神寄托。新太原城内依然兴建了众多寺庙。其中就有“怀旧版”十二院。根据明代《永乐大典》记载的宋太原府城市格局，其中有一条“广化寺”：“广化寺，在府正街街南葆真坊内。宋端拱二年(年)额，分置开化、罗汉、慈氏、八正、七佛、大中、甘泉、仙岩、净土、永宁、草堂、延休十二院。其开化、甘泉、仙岩皆有西山上寺。七佛在唐明村，旧为僧居，有宋元中李沆《古殿记》。余院往往自故城徙入其中。”
这个怀旧版十二院位于现在太原市开化寺古玩城一带。
宋太原十二院对于北齐晋阳十二院而言，只有名字和信众情感上的联系，为异地新建的微缩怀旧版十二院。
如今，北齐晋阳十二院和宋太原十二院都有遗迹可寻。晋阳西山上遗留的众多北齐寺院，其中就有北齐十二院之属。而太原市内开化寺古玩城一带，就是宋太原十二院遗迹。
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